○南京宗人府吏部户部附总督粮储礼部兵部刑部工部都察院附提督操江通政司大理寺詹事府翰林院国子监太常寺光禄寺太仆寺鸿胪寺尚宝司六科行人司钦天监太医院五城兵马司应天府附上元江宁二县已上南京官王府长史司布政司按察司各道行太仆寺苑马寺都转运盐使司盐课提举司市舶提举司茶马司府州县儒学巡检司驿税课司仓库织染局河泊所（附闸坝官）批验所递运所铁冶所医学阴阳学僧纲司道纪司
南京宗人府。经历司，经历一人。（南京官品秩，俱同北京。）
吏部。尚书一人，右侍郎一人。（六部侍郎，至弘治后始专设右。万历三年俱革。十一年复设。天启中，每部增侍郎一人。崇祯间革。）其属，司务厅，司务一人。文选、考功、验封、稽勋四清吏司，各郎中一人，主事一人。（验封、稽勋二司主事，后并革。）凡南京官，六年考察，考功掌之，不由北吏部。
户部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人，照磨一人。十三司，郎中十三人，员外郎九人，（浙江、江西、湖广、广东、广西、福建、山西、陕西、云南九司各一人，嘉靖三十七年，革山西、陕西三司员外郎各一人，隆庆中又革广西、云南二司员外郎各一人。）主事十七人，（山西、广东、广西、云南四司各二人，隆庆三年革广东司主事一人。）所辖，宝钞提举司，提举一人。广积库、承运库、赃罚库、甲乙丙丁戊五字库、宝钞广惠库、军储仓，各大使一人。长安门仓、东安门仓、西安门仓、北安门仓各副使一人。龙江盐仓检校批验所，大使一人。（隆庆三年，革宝钞司提举、军储仓大使。）
总督粮储一人。（嘉靖以前，特设都御史。二十六年革，以户部右侍郎加都御史衔领之。）
礼部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。仪制、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。仪制、祠祭二司，各主事一人。所辖，铸印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司乐各一人。
兵部。尚书参赞机务一人，右侍郎一人，司务一人。武选、职方、车驾、武库四司，郎中四人，员外郎二人，（武选、武库无员外郎。）主事五人。（车驾主事二人。）所辖，典牧所，提领一人。（正八品）会同馆、大胜关，各大使一人。按参赞机务，自宣德八年黄福始。成化二十三年，始奉敕谕，专以本部尚书参赞机务，同内外守备官操练军马，抚恤人民，禁戢盗贼，振举庶务，故其职视五部为特重云。
刑部。尚书一人，右侍郎一人，司务、照磨各一人。十三司郎中十三人，员外郎五人，（惟浙江、江西、河南、陕西、广东五司设。）主事十四人，（广东司二人。）分掌南京诸司，及公、侯、伯、五府、京卫所刑名之事。司狱二人。
工部。尚书一人，右侍郎一人，司务一人。营缮、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，员外郎二人，（营缮司一人，都水司一人，嘉靖三十七年，革都水员外郎。）主事八人。（营缮司三人，屯田司一人，馀各二人。）所辖，营缮所，所正、所副、所丞各一人。龙江、清江二提举司，各提举一人。（副提举后革。）文思院、宝源局、军器局、织染所、龙江抽分竹木局、瓦屑坝抽分竹木局，各大使一人。（嘉靖三十七年，革文思院大使。）
都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右佥都御史一人，司务、经历、都事、照磨各一人，司狱二人。（嘉靖三十七年，革司狱一人。隆庆四年，革都事。）浙江、江西、河南、山东、山西、陕西、四川、云南、贵州九道，各御史二人。福建、湖广、广东、广西四道，各御史三人。（嘉靖后不全设，恒以一人兼数道。）凡刷卷、巡仓、巡江、巡城、屯田、印马、巡视粮储、监收粮斛、点闸军士、管理京营、比验军器，皆叙而差之。清军，则偕兵部、兵科。核后湖黄册，则偕户部、户科。
提督操江一人。（以副佥都御史为之，领上、下江防之事。）
通政使司。通政使一人，右通政一人，右参议一人，掌收呈状，付刑部审理。经历一人。
大理寺。卿一人，右寺丞一人，司务一人，左、右寺正各一人，左、右评事各三人。（隆庆三年，革左、右评事各一人。）
詹事府。主簿一人。
翰林院。学士一人，（不常置，以翰林坊局官署职。）孔目一人。
国子监。祭酒一人，司业一人，监丞一人，典簿一人，博士三人，助教六人，学正五人，学录二人，典籍一人，学馔一人。（嘉靖三十七年，革助教二人及掌馔。隆庆四年，革博士一人，学正一人。）
太常寺。卿一人，少卿一人，典簿一人，博士一人，协律郎二人，赞礼郎七人，（嘉靖中，革赞礼郎一人。）司乐二人。各祠祭署合奉祀八人，祀丞七人。（天、地坛奉祀一、祀丞一。山川坛、耤田奉祀一。祖陵奉祀、祀丞各一。皇陵奉祀、祀丞各二。孝陵、扬王坟、徐王坟各奉祀一，祀丞一。嘉靖后，革天地坛、祖陵、扬王坟三祠祭署祀丞。）
光禄寺。卿一人，少卿一人，（隆庆四年，革少卿。）典簿一人。大官、珍羞、良酝、掌醢四署，各署正一人，署丞一人。（嘉靖中，革良酝、掌醢二署署丞。万历中，革珍羞署丞。）
太仆寺。卿一人，少卿二人，寺丞二人，（隆庆中，革少卿一人，寺丞一人。主簿一人。）
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